Cómo facturar si tienes un e-commerce

Nov 5, 2025 | Blog

Gestionar un comercio electrónico, un e-commerce, no solo implica vender productos, gestionar envíos o atender a los clientes, también facturar.

Detrás de cada venta hay una obligación fundamental: facturar correctamente.

Y hacerlo de forma legal, automatizada y profesional es clave para evitar problemas con Hacienda y mantener el control financiero de tu negocio.

Saber cómo facturar en un e-commerce es esencial para cumplir con la ley, declarar impuestos correctamente y dar una imagen de confianza.

En este artículo te explicamos qué obligaciones fiscales tienes, cómo emitir facturas legales, qué herramientas utilizar y cómo automatizar la facturación con plugins como los de Facturalia, que ya cumplen con el nuevo sistema VeriFactu.

 

¿Por qué es importante facturar correctamente en un e-commerce?

La facturación es el registro legal de tus operaciones.

Cada venta online debe estar respaldada por una factura que refleje los datos del vendedor, del comprador y los impuestos correspondientes.

  • Tener una facturación clara y ordenada te permitirá:
  • Cumplir con tus obligaciones fiscales (IVA, IRPF, Impuesto de Sociedades).
  • Evitar sanciones o inspecciones de Hacienda.
  • Controlar tus ingresos y gastos.
  • Ofrecer una imagen profesional ante tus clientes.
  • Facilitar las devoluciones, reclamaciones y auditorías contables.

Un e-commerce que factura correctamente demuestra transparencia y fiabilidad.

Además, con la llegada del sistema VeriFactu, será obligatorio usar software verificado que garantice la autenticidad de las facturas digitales.

 

¿Cuándo estás obligado a emitir factura en tu e-commerce?

En España, toda venta online genera la obligación de emitir factura, aunque existen matices según el tipo de cliente y la naturaleza de la transacción.

Casos en los que debes emitir factura:

  • Cuando el comprador es una empresa o profesional (B2B).
  • Cuando el cliente solicita la factura, incluso si es particular (B2C).
  • En ventas intracomunitarias (a otros países de la UE).
  • En exportaciones fuera de la UE.
  • Cuando vendes productos sujetos a impuestos especiales (tabaco, alcohol, etc.).

En el caso de ventas a particulares dentro de España, no siempre es obligatorio emitir factura individual, pero sí debes registrar internamente todas las ventas en tu contabilidad.

 

Datos que debe contener una factura legal de e-commerce

Cada factura emitida por tu tienda online debe cumplir con los requisitos del Real Decreto 1619/2012, que regula las obligaciones de facturación.

Elementos obligatorios:

  • Número y serie de factura (correlativa y única).
  • Fecha de emisión.
  • Datos del vendedor (emisor):
  • Nombre o razón social.
  • NIF o CIF.
  • Domicilio fiscal.
  • Datos del comprador (cliente):
    • Nombre completo o razón social.
    • NIF, CIF o NIE (si lo facilita).
    • Dirección.
  • Descripción del producto o servicio.
  • Base imponible.
  • Tipo y cuota de IVA aplicable.
  • Retención de IRPF (solo si aplica a servicios profesionales).
  • Importe total.
  • Forma y plazo de pago.

 

Cumplir con estos elementos garantiza que tu factura tenga validez legal y sea aceptada por Hacienda o tus clientes.

 

IVA y facturación en e-commerce

El IVA (Impuesto sobre el Valor Añadido) es uno de los aspectos más delicados en la facturación online.

Dependiendo del país del comprador y del tipo de producto, se aplican reglas diferentes.

 

Ventas dentro de España

Debes aplicar el tipo de IVA español según el producto:

21% general (ropa, tecnología, cosmética…).

10% reducido (alimentación, hostelería…).

4% superreducido (libros, medicamentos…).

El IVA se repercute al cliente y tú lo declaras trimestralmente mediante el modelo 303.

 

Ventas a otros países de la Unión Europea

Si el cliente es particular, debes aplicar el IVA del país de destino cuando superes los 10.000 € anuales en ventas intracomunitarias.

En ese caso, debes acogerte al régimen especial OSS (One Stop Shop).

Si el cliente es empresa o profesional, la venta estará exenta de IVA español, pero debes incluirla en el modelo 349.

 

Ventas a países fuera de la UE

Las exportaciones están exentas de IVA, aunque debes conservar los justificantes aduaneros para demostrar la salida de la mercancía.

 

Tipos de facturas en e-commerce

Factura completa

Es la factura estándar, con todos los datos fiscales.

Se utiliza en ventas B2B o en operaciones de alto importe.

 

Factura simplificada

Antiguamente conocida como “ticket”. Se usa para ventas a particulares y operaciones inferiores a 400 €.

Debe incluir el importe total e IVA, pero no necesariamente los datos del cliente (salvo que este los solicite).

 

Factura electrónica

Es el formato digital más seguro y será obligatorio con la nueva normativa.

Debe estar firmada digitalmente y cumplir con los estándares del sistema VeriFactu y de la Ley Crea y Crece cuando entre en vigor la obligación.

 

Cómo automatizar la facturación en tu e-commerce

Uno de los mayores retos en las tiendas online es emitir facturas automáticamente cada vez que se produce una venta.

Hacerlo manualmente sería inviable en negocios con muchos pedidos diarios.

Solución: integración de facturación automática

La mayoría de plataformas de e-commerce (como WooCommerce, Prestashop o Shopify) permiten conectar plugins o sistemas externos de facturación, que generan automáticamente las facturas tras cada venta.

 

Estos sistemas:

  • Crean la factura en el momento del pedido.
  • Aplican el IVA correcto según el país del cliente.
  • Envían automáticamente la factura por correo electrónico.
  • Guardan el registro para la contabilidad y Hacienda.
  • Cumplen con las exigencias del sistema VeriFactu.

 

Facturalia: la solución fácil para facturar tu e-commerce

Uno de los mayores avances en facturación online ha llegado de la mano de Facturalia, que ofrece plugins específicos para integrar la facturación en tu e-commerce.

Con los plugins de Facturalia, puedes:

  • Emitir facturas automáticas desde tu tienda online (WooCommerce, Prestashop, Shopify…).
  • Cumplir con los requisitos de la Agencia Tributaria y VeriFactu.
  • Aplicar correctamente el IVA nacional, intracomunitario o internacional.
  • Generar facturas electrónicas verificadas y seguras.
  • Enviar las facturas al cliente al instante.
  • Conservar todos los registros contables en la nube.

Gracias a esta integración, tu tienda online no solo cumple con la ley, sino que también profesionaliza su imagen y reduce el trabajo administrativo.

Dato clave: Facturalia ya está adaptada al sistema VeriFactu, por lo que todas las facturas generadas desde sus plugins se registran automáticamente conforme a la normativa fiscal española.

 

Pasos para configurar tu sistema de facturación online

Si estás creando tu tienda o quieres mejorar tu gestión, sigue estos pasos para implantar una facturación profesional:

Elige una plataforma de e-commerce adecuada

Las más comunes son:

  • WooCommerce (WordPress).
  • PrestaShop.
  • Shopify.
  • Magento.

Todas ellas permiten integrar módulos o plugins de facturación compatibles con Facturalia y VeriFactu.

 

Instala el plugin de Facturalia

Una vez instalada tu tienda, el siguiente paso es integrar el plugin de Facturalia, que se conecta directamente a tu sistema de pedidos.

Esto permite emitir facturas automáticas, aplicar impuestos correctos y mantener tu contabilidad actualizada.

 

Personaliza tus facturas

Añade tu logo, colores corporativos y datos fiscales.

Define las series y numeraciones.

Configura el idioma y la divisa (útil si vendes internacionalmente).

 

Automatiza los envíos y registros

Cada vez que un cliente realiza un pedido, el plugin genera la factura, la envía al correo del cliente y la guarda en tu panel de control.

También puedes exportar los informes contables y tributarios.

 

Cómo gestionar devoluciones y facturas rectificativas

En el comercio electrónico, las devoluciones son frecuentes, y deben gestionarse correctamente a nivel contable.

Cuando devuelves un pedido (total o parcial), debes emitir una factura rectificativa, que anula o modifica la original.

Esta factura debe:

  • Incluir una referencia clara a la factura original.
  • Mostrar los importes corregidos.
  • Reflejar el motivo (devolución, descuento, error, etc.).

Los sistemas automatizados como Facturalia generan estas facturas rectificativas en segundos, sin necesidad de hacer cálculos manuales.

 

Cómo declarar tus ventas e impuestos

Emitir las facturas correctamente es solo una parte del proceso.

También debes declarar tus ingresos ante Hacienda y cumplir con las obligaciones fiscales.

Modelos más comunes:

  • 303: Declaración trimestral de IVA.
  • 390: Resumen anual de IVA.
  • 130: Pago fraccionado del IRPF (autónomos).
  • 347: Operaciones con terceros superiores a 3.005 €.
  • 349: Operaciones intracomunitarias.

Si utilizas Facturalia, estos modelos se pueden generar automáticamente a partir de tus facturas, lo que te ahorra tiempo y errores.

 

El papel de VeriFactu en la facturación digital

El sistema VeriFactu será obligatorio para todos los negocios que emitan facturas en España, incluidos los e-commerce.

Su objetivo es garantizar la veracidad y trazabilidad de cada factura, evitando manipulaciones o fraude fiscal.

Cada factura debe:

  • Incluir un código identificativo único (CSV).
  • Estar firmada digitalmente.
  • Registrarse y enviarse automáticamente a Hacienda (de forma inmediata o diferida).

Los plugins de Facturalia ya están diseñados para cumplir con estos requisitos, por lo que tu e-commerce estará 100% preparado para VeriFactu sin que tengas que preocuparte por la parte técnica.

 

Ventajas de automatizar la facturación de tu e-commerce

Integrar un sistema profesional de facturación tiene múltiples beneficios:

Ventaja

Descripción

Cumplimiento legal

Evitas sanciones y errores fiscales.

Ahorro de tiempo

Se automatiza la emisión y envío de facturas.

Profesionalización

Refuerza la imagen del negocio ante los clientes.

Control financiero

Conoces tus ingresos, impuestos y márgenes.

Adaptación al futuro

Cumples con VeriFactu y la factura electrónica.

 

En resumen, automatizar la facturación en tu e-commerce es una inversión en tranquilidad, eficiencia y cumplimiento.

 

Errores comunes al facturar un e-commerce

Muchos negocios online cometen errores por desconocimiento o por usar sistemas manuales.

Algunos de los más comunes son:

  • No aplicar correctamente el IVA según el país.
  • No emitir factura cuando el cliente la solicita.
  • Numeración duplicada o salteada.
  • No conservar las facturas durante 4 años.
  • No emitir factura rectificativa ante una devolución.
  • Usar programas no compatibles con VeriFactu.

Con un sistema integrado como Facturalia, todos estos errores desaparecen.

 

Conclusión Cómo facturar si tienes un e-commerce

Facturar en un e-commerce no tiene por qué ser complicado.

La clave está en automatizar, cumplir la normativa y usar herramientas profesionales.

Con la llegada de VeriFactu, cada tienda online deberá emitir facturas verificadas y enviarlas digitalmente a Hacienda.

Por eso, contar con un sistema adaptado es fundamental.

Facturalia ofrece plugins específicos para e-commerce, que te permiten:

  • Emitir facturas automáticas.
  • Cumplir con VeriFactu.
  • Aplicar correctamente el IVA según destino.
  • Enviar las facturas al cliente en segundos.

Si vendes online, ha llegado el momento de dar el salto a la facturación profesional y automatizada.

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Facturalia
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